將細(xì)菌基因組打斷，是構(gòu)建文庫(kù)的第一步，也是構(gòu)建多樣文庫(kù)的一個(gè)重要保障。超聲波和酶切法是兩種常用的斷裂基因組的方法。
下面我們看一下分別用超聲波和酶切法打斷“布魯菌16M株”基因組的效果圖。
對(duì)比效果展示
調(diào)整超聲時(shí)間，打斷結(jié)果圖
基因組打斷效果檢測(cè)分析
基因組打斷效果檢測(cè)分析：為了建立布魯菌基因組隨機(jī)文庫(kù)，通過(guò)用Sau3AI 酶切和超聲破碎基因組，得到想要的基因片段，為后續(xù)試驗(yàn)做準(zhǔn)備。所需基因片段小于500 bp，片段均勻，大小適中（通過(guò)調(diào)整不同參數(shù)，確定最佳參數(shù)）。而通過(guò)電泳檢測(cè)可知， 酶切法得到的基因片段大多數(shù)都是小片段，超聲法得到的片段為一條抹帶，符合后續(xù)試驗(yàn)需要。
超聲法對(duì)DNA的打斷是隨機(jī)的，且實(shí)驗(yàn)重復(fù)性較高。對(duì)于那些與DNA結(jié)合不緊密的蛋白或低豐度表達(dá)的蛋白，如調(diào)控因子、轉(zhuǎn)錄因子等通常需要用交聯(lián)試劑固定樣本 ( 細(xì)胞或組織) 以穩(wěn)定蛋白質(zhì)和DNA的形態(tài)，這種情況最好用超聲法。如果樣本無(wú)需交聯(lián)，例如研究對(duì)象是與DNA 結(jié)合緊密的蛋白或高豐度表達(dá)的蛋白，那么便可以使用酶法。但酶切法得到的DNA片段相對(duì)較短，不適合染色質(zhì)免疫共沉淀技術(shù)及與芯片方法的結(jié)合(CHIP－Chip) 實(shí)驗(yàn)和染色質(zhì)免疫沉淀測(cè)序(CHIP－Seq) 實(shí)驗(yàn)。
超聲波DNA打斷用到的儀器
超聲波DNA打斷儀采用等溫非接觸的方式對(duì)樣品進(jìn)行打斷、勻漿和混合。用于無(wú)菌、可超微量破碎，隔著離心管能打斷染色體。專(zhuān)為二代測(cè)序DNA樣本與染色質(zhì)免疫共沉淀實(shí)驗(yàn)樣本前處理量身訂做。相比傳統(tǒng)的探頭超聲波破碎儀，探頭與樣品直接接觸，一次只能處理一個(gè)樣品，實(shí)驗(yàn)周期長(zhǎng)。對(duì)于多個(gè)樣品，需要重復(fù)使用同一探頭，容易造成樣品交叉污染。非接觸式樣品可在密閉容器下進(jìn)行破碎，不產(chǎn)生感染性飛霧，超聲探頭與樣品不接觸，避免交叉污染。對(duì)于每天要處理多個(gè)樣品或者貴重樣品的實(shí)驗(yàn)室。
非接觸超聲波DNA破碎儀具有處理高通量，樣本低損耗，無(wú)交叉污染等優(yōu)勢(shì)。逐漸成為ChiP(染色質(zhì)免疫共沉淀)和DNA剪切研究平臺(tái)不可缺少的標(biāo)準(zhǔn)化工具。
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