不久前，"中國(guó)宏基因組學(xué)*二代測(cè)序技術(shù)檢測(cè)感染病原體的臨床應(yīng)用專家共識(shí)"在《中華傳染病雜志》發(fā)布，這是全球首篇針對(duì)所有感染性疾病的宏基因組學(xué)臨床應(yīng)用專家共識(shí)。二代測(cè)序病原檢測(cè)技術(shù)越來(lái)越普及，宏基因組測(cè)序（mNGS）描述了樣本中存在的所有DNA或RNA信息，此技術(shù)能夠分析整個(gè)微生物組以及患者樣本中的人類宿主基因組或轉(zhuǎn)錄組，避免用藥失誤，把握治療時(shí)間，做到精準(zhǔn)醫(yī)療。
對(duì)于不明原因的疾病，及早的進(jìn)行感染病原微生物高通量的檢測(cè)，是一種行之有效的辦法，為醫(yī)生早期診斷提供機(jī)會(huì)，為患者贏得治療的時(shí)間，又可以節(jié)省不必要的費(fèi)用。2014年新英格蘭醫(yī)學(xué)雜志報(bào)道過(guò)一個(gè)通過(guò)宏基因組輔助檢測(cè)治愈了一位原因不明、反復(fù)發(fā)熱、具有癲癇及腦積水癥狀的14歲男孩的案例，這是歷史上一個(gè)宏基因組臨床應(yīng)用成功的案例。文章報(bào)道這個(gè)常規(guī)治療及病原篩查都沒(méi)有確診原因，隨后對(duì)腦脊液樣本mNGS篩查，結(jié)合生物信息學(xué)分析結(jié)果發(fā)現(xiàn)一種可疑的致病菌 leptospira infection，隨后針對(duì)性地使用萬(wàn)古霉素和頭孢吡肟治療后出院。該團(tuán)隊(duì)確認(rèn)這是一種尚未報(bào)道過(guò)的病原微生物。由此，臨床宏基因組正式應(yīng)用于微生物診斷拉開(kāi)了帷幕。
那么，什么是病原微生物？病原微生物是指可以侵犯人體，引起感染甚至傳染病的微生物，或稱病原體。病原體中，以細(xì)菌和病毒的危害性較大。病原微生物指朊毒體、寄生蟲(chóng)（原蟲(chóng)、蠕蟲(chóng)、醫(yī)學(xué)昆蟲(chóng)）、真菌、細(xì)菌、螺旋體、支原體、立克次體、衣原體、病毒。病原微生物已成為全球關(guān)注的焦點(diǎn)。據(jù)WHO統(tǒng)計(jì)，在中國(guó)，感染性疾病占所有疾病的50%以上。面對(duì)重癥感染患者，能否快速確認(rèn)感染病原體，成為后續(xù)對(duì)癥治療的關(guān)鍵。
醫(yī)學(xué)檢驗(yàn)中采集病原微生物用于mNGS的樣本樣本類型主要有靜脈血、腦脊液、肺泡灌洗液、痰液、胸水和腹水、咽部分泌物、局灶穿刺物、組織等多種類型。mNGS的檢測(cè)流程可以大致分為5個(gè)步驟：核酸提取、文庫(kù)構(gòu)建、上機(jī)測(cè)序、生信分析與報(bào)告解讀。對(duì)病原微生物進(jìn)行測(cè)序前處理過(guò)程中關(guān)鍵的一步就是核酸提取，因?yàn)椴≡⑸锖怂崽崛⌒Ч暮脡模瑫?huì)直接影響到后續(xù)測(cè)序的成敗。
然而上核酸提取儀之前，都需要進(jìn)行樣品的前處理。前處理設(shè)備的好壞直接影響著后序檢測(cè)數(shù)據(jù)的精確度、靈敏度，規(guī)范的操作也是其中重要的條件；另外，檢測(cè)的樣品如果被外部所污染，也可能會(huì)影響檢測(cè)的結(jié)果。上海凈信在前處理這塊專注了十幾年，研磨儀系列產(chǎn)品上市十幾年以來(lái)，經(jīng)得住客戶和市場(chǎng)的驗(yàn)證，在業(yè)內(nèi)具有良好的口碑。在醫(yī)學(xué)檢驗(yàn)應(yīng)用這塊也廣被客戶認(rèn)可。
凈信研磨儀能將任何來(lái)源(包括土壤、植物和動(dòng)物的組織/器官、細(xì)菌、酵母、真菌、孢子、古生物標(biāo)本等)的原始DNA、RNA和蛋白質(zhì)進(jìn)行提取和純化。 只要將樣品和研磨球放入研磨儀內(nèi)（配置研磨罐或離心管/適配器），在高頻擺動(dòng)作用下，研磨球在研磨儀內(nèi)來(lái)回高速撞擊及摩擦，在非常短的時(shí)間內(nèi)便可完成樣品的研磨、粉碎、混合及細(xì)胞破壁。
